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【置顶】丙肝HCV基因分型亚型究竟有有多少种?

2016-08-23 00:00


丙肝HCV基因分型亚型究竟有有多少种?

2016-08-23  摘自上海生物信息技术研究中心官网


        丙型肝炎可引起肝硬化、消化道出血、肝衰竭及肝癌,是欧美国家肝移植的主要原因。目前,全球有超过1.7亿人感染丙型肝炎病毒(HCV),其中每年有超过10万例慢性丙型肝炎(chronic hepatitis C, CHC)患者发展为肝癌,进而出现消化道出血及腹积液。HCV的高度变异性、泛嗜性、免疫耐受、免疫损伤等因素是导致HCV感染慢性化的重要原因。   
 
HCV基因分型方法  
   对HCV基因组的某些区域(E1、NS5B)直接进行序列分析和系统进化分析,是HCV分型的“金标准”。目前,针对HCV 5′ UTR区序列多态性进行基因分型的技术有以下几种:①限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism, RFLP)即酶切分型:不同基因型HCV RNA的5′ UTR序列具有高度的遗传保守性,由于基因的变异,该区的个别碱基排列不同,而产生的限制性内切酶的切点也发生变化,酶切后可得到不同cDNA片段,根据有无特异的酶切点及片段的长度,判断HCV基因型。操作过程繁琐,需明确酶切位点,才能确定最终型别。②基因型特异性引物扩增片段分型:根据不同HCV型在某一区段序列的差异,设计一系列特异性引物,不同型可扩增出不同的片段,并以此进行分型。这种方法对PCR引物的设计要求较高,要保证各型之间有较大差异,且每份样品需同时进行多次检测才能最终确定型别。③型特异性核酸探针杂交分型法:根据各型HCV某一区段的序列差异分别设计探针,与PCR产物杂交后进行PCR分型。目前在大多数实验室中使用的线探针(INNO-LiPA)杂交方法就是其中一种型特异性核酸杂交分型方法。④此外,还有一些方法用于HCV基因分型,例如Lareu等介绍了一种以SSCP为基础的基因分型方法,识别出1a、1b、2a、2b、2c、3和4基因型的独特性单链构象多态性。Livache等利用DNA芯片进行HCV基因分型。   

丙肝基因分型分为:1、2、3、4、5、6型和未分类的丙型肝炎病毒;但亚型就多了。
到目前为止有154种,主要原因就是其特有的变异性。
 
1型
Hepatitis C virus genotype 1
Hepatitis C virus subtype 1a
Hepatitis C virus subtype 1b
Hepatitis C virus subtype 1c
Hepatitis C virus subtype 1d
Hepatitis C virus subtype 1e
Hepatitis C virus subtype 1f
Hepatitis C virus subtype 1g
 
2型
Hepatitis C virus genotype 2
Hepatitis C virus subtype 2a
Hepatitis C virus subtype 2b
Hepatitis C virus subtype 2c
Hepatitis C virus subtype 2d
Hepatitis C virus subtype 2f
Hepatitis C virus subtype 2i
Hepatitis C virus subtype 2k
Hepatitis C virus subtype 2j
Hepatitis C virus subtype 2l
Hepatitis C virus subtype 2e
Hepatitis C virus subtype 2m
 
3型
Hepatitis C virus subtype 3a
Hepatitis C virus subtype 3b
 
4型
Hepatitis C virus genotype 4
Hepatitis C virus subtype 4a
Hepatitis C virus subtype 4c
Hepatitis C virus subtype 4f
Hepatitis C virus subtype 4d
Hepatitis C virus subtype 4k
Hepatitis C virus subtype 4h
Hepatitis C virus subtype 4n
Hepatitis C virus subtype 4r
Hepatitis C virus subtype 4o
Hepatitis C virus subtype 4L
Hepatitis C virus subtype 4g
Hepatitis C virus subtype 4m
Hepatitis C virus subtype 4v
 
5型
Hepatitis C virus genotype 5
Hepatitis C virus subtype 5a
 
6型
Hepatitis C virus genotype 6
Hepatitis C virus subtype 6a
Hepatitis C virus subtype 6g
Hepatitis C virus subtype 6b
Hepatitis C virus subtype 6h
Hepatitis C virus subtype 6d
Hepatitis C virus subtype 6k
Hepatitis C virus subtype 6n
Hepatitis C virus subtype 6m
Hepatitis C virus subtype 6e
Hepatitis C virus subtype 6l
Hepatitis C virus subtype 6o
Hepatitis C virus subtype 6c
Hepatitis C virus subtype 6p
Hepatitis C virus subtype 6i
Hepatitis C virus subtype 6j
Hepatitis C virus subtype 6q
Hepatitis C virus subtype 6f
Hepatitis C virus subtype 6v
Hepatitis C virus subtype 6u
 
未分类的丙型肝炎病毒
unclassified Hepatitis C virus
Hepatitis C virus (isolate EC10)
Hepatitis C virus (isolate EC1)
Hepatitis C virus (isolate HCT27)
Hepatitis C virus (isolate HCT18)
Hepatitis C virus (isolate HC-J2)
Hepatitis C virus (isolate HC-J5)
Hepatitis C virus (isolate HC-J7)
Hepatitis C virus (isolate TH)
Hepatitis C virus (isolate HCV-476)
Hepatitis C virus (isolate HCV-KF)
Hepatitis C virus (isolate Hunan)
Hepatitis C virus (isolate Glasgow)
Hepatitis C virus (isolate VT204)
Hepatitis C virus (isolate VT316)
Hepatitis C virus (isolate VT886)
Hepatitis C virus (isolate VT887)
Hepatitis C virus (isolate VT897)
Hepatitis C virus (isolate VT898)
Hepatitis C virus (isolate VT681)
Hepatitis C virus isolate 07.22.133
Hepatitis C virus isolate P.X01.27
Hepatitis C virus isolate 06.10.009
Hepatitis C virus isolate M2123
Hepatitis C virus 08.40.072
Hepatitis C virus 08.80.014
Hepatitis C virus 08.80.070
Hepatitis C virus 08.80.075
Hepacivirus AK-2012
Hepatitis C virus subtype 2k/1b
Hepatitis C virus genotype 3
Hepatitis C virus subtype 3b
Hepatitis C virus subtype 3g
Hepatitis C virus subtype 3k
Hepatitis C virus subtype 3a
Hepatitis C virus subtype 3i
Hepatitis C virus subtype 3e
Recombinant HCV viruses
Recombinant Hepatitis C virus S52/JFH1
Recombinant Hepatitis C Virus SA13/JFH1
Recombinant Hepatitis C virus H77C/JFH-1
Recombinant Hepatitis C virus HK6a/JFH-1
Recombinant Hepatitis C virus J4/JFH1
Recombinant Hepatitis C virus J8/JFH1
Recombinant Hepatitis C virus QC69/JFH1
Hepatitis C virus strain M21-2k/1b
Recombinant chimeric Hepatitis C virus 1b/2a 432/JFH-1
Recombinant Hepatitis C virus DBN-JFH1
Recombinant Hepatitis C virus DH1-JFH1
Recombinant Hepatitis C virus DH5-JFH1
Recombinant Hepatitis C virus DH6-JFH1
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1(DH6-NS5A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1(ED43-NS5A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1(H77C-NS5A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1(HCV1-NS5A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1(HK6a-NS5A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1(J1-NS5A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1(J4-NS5A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1(J6-NS5A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1(QC69-NS5A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1(S52-NS5A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1(SA13-NS5A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1(TN-NS5A)
Recombinant Hepatitis C virus TN-JFH1
Recombinant Hepatitis C virus H77(5'UTR-NS2)/JFH1_V787A,Q1247L
Recombinant Hepatitis C virus J4(5'UTR-NS2)/JFH1_F886L,Q1496L
Recombinant Hepatitis C virus J6(5'UTR-NS2)/JFH1
Recombinant Hepatitis C virus J8(5'UTR-NS2)/JFH1
Recombinant Hepatitis C virus S52(5'UTR-NS2)/JFH1_I793S, K1404Q
Recombinant Hepatitis C virus ED43(5'UTR-NS2)/JFH1_T827A,T977S
Recombinant Hepatitis C virus SA13(5'UTR-NS2)/JFH1_A1022G,K1119R
Recombinant Hepatitis C virus HK6a(5'UTR-NS2)/JFH1_F350S,N417T
Recombinant Hepatitis C virus J6(5'UTR(Cell-U3)-NS2)/JFH1
Recombinant Hepatitis C virus J6(5'UTR(Cell-U3WTS1)-NS2)/JFH1
Recombinant Hepatitis C virus J6(5'UTR(Cell-U6)-NS2)/JFH1
Recombinant Hepatitis C virus J6(5'UTR(Cell-ATAD1)-NS2)/JFH1
Recombinant Hepatitis C virus J6(5'UTR(2a-DomI/II)-NS2)/JFH1
Recombinant Hepatitis C virus J6(5'UTR(1b-E1)-NS2)/JFH1
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-452
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-HK6a
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-J6
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-JCH2
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-JCH4
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-K3a.650
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-NZL1
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-S52
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-SA13
Recombinant Hepatitis C virus 3a-2a (SA1/JFH1)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-ED43(NS4A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-H77(NS4A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-HK6a(NS4A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-J4(NS4A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-J6(NS4A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-QC69(NS4A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-SA13(NS4A)
Recombinant Hepatitis C virus J6/JFH1-TN(NS4A)

 

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